Высшим органом управления ОАО «Вологодская сбытовая компания» является Общее собрание акционеров. Основные полномочия по управлению компанией акционеры делегируют Совету директоров. Руководство текущей деятельностью ОАО «Вологодская сбытовая компания» осуществляется единоличным исполнительным органом — Генеральным директором. Органом контроля за финансово-хозяйственной деятельностью компании является Ревизионная комиссия.

С 01.01.2011 полномочия единоличного исполнительного органа (Генерального директора) переданы управляющей компании - Закрытому акционерному обществу "Межрегионсоюзэнерго".